Anfang des 17. Jahrhunderts waren in Oberösterreich über 90% der Bevölkerung von der Reformation erfasst. Die Schlossherren - die Grafen Khevenhüller in Kammer, die Pollheimer auf der Wartenburg und in Puchheim - waren evangelisch. Ende des 16. Jahrhunderts setzte mit Rudolf II. die Gegenreformation ein, die mit dem Bauernkrieg 1626 ihren Höhepunkt hatte.
Das Haushamerfeld, wo am 15.Mai 1625 das "Frankenburger Würfelspiel" stattfand, der Bauernhügel in Pinsdorf, der an eine der blutigen Schlachten erinnert, bei der über 2500 Bauern den Tod fanden und auch die "Wolfsschanze" bei Wolfsegg, wo sich die Bauern das letzte Mal zur Wehr setzten - diese historischen Stätten liegen alle im Bereich der im Jahr 1782 gegründeten "Pilligschen Gemeinde", deren Einzugsgebiet nach Westen über die Landesgrenzen hinaus reichte.
In Rutzenmoos und in Zell am Attersee entstand eine evangelische Volksschule. Die Kirche in Rutzenmoos wurde als Toleranzbethaus 1783 erbaut und erhielt in der zweiten Hälfte des 19.Jahrhunderts Apsis und Turm. Das Evangelische Gemeindehaus in Attnang-Puchheim wurde 1957 eingeweiht.
Heute hat die Pfarrgemeinde Rutzenmoos ca. 1500 Mitglieder im Gebiet von acht politischen Gemeinden.